Confronté au "joséphisme" : Le "joséphisme", promu par l'empereur Joseph II, frère de Marie-Antoinette, vise à placer la religion et les églises sous le contrôle de l'État en s'appuyant sur les principes de la Raison tels qu'on les comprend à l'époque des Lumières.
Le joséphisme cherche à rationaliser le culte et à "libérer" le clergé (et donc le peuple) de l'influence de la papauté et des jésuites.
L'action de Joseph II tend à créer une église nationale pour le Saint-empire où toutes les ordonnances religieuses, aussi bien celles du pape que les autres, sont subordonnées au consentement impérial. L'empereur abolit la dépendance de l'autorité épiscopale au pape et fait prêter aux évêques un serment par lequel ils se soumettent à l'État. La réception de titres pontificaux et les études à l'Université allemande de Rome sont interdites.
L'ensemble des propriétés ecclésiastiques, mobilières et immobilières, est transféré à un "Fonds pour la Religion".
De plus, Joseph II signe un Acte de tolérance qui donne aux Grecs orthodoxes, aux Protestants et aux Juifs la liberté d'exercice pour leur religion et les droits de citoyenneté.
Pie VI se rend à Vienne en 1782 pour s'opposer à toutes ces mesures (c'est le premier voyage d'un pape hors de Rome depuis le retour d'Avignon) mais il n'obtient rien et doit se résigner à accepter l'état de fait.